Chiunque si occupi di sequenze genomiche o proteiche sa quanto siano preziose le informazioni che si possono ricavare dall'analisi delle sequenze raccolte in banche dati. Infatti, a partire da esse è possibile ottenere dati sulle sequenze conservate tra diverse specie; conoscere domini specifici all'interno delle sequenze; riconoscere i siti per gli enzimi di restrizione e disegnare plasmidi.
Esistono alcuni programmi estremamente completi che consentono di svolgere queste operazioni e che forniscono anche un supporto grafico utile a visualizzare le azioni compiute, ma il più delle volte sono costosi e non si ha la possibilità di acquistarli.
Navigando su web alla ricerca di un buon software per studiare le caratteristiche e la specificità di primers, mi imbatto in un programma free, che mima in tutto VectorNTI e che è installabile su qualsiasi sistema operativo. Si tratta di GENtle (http://gentle.magnusmanske.de/).
Vediamone le potenzialità. In primo luogo, esso ha un'interfaccia Web che consente di scaricare direttamente da NCBI la sequenza per la quale stiamo cercando di disegnare i primers, con tutte le relative informazioni. Sulla destra della pagina compare anche un disegno della mappa della sequenza, che mette in evidenza anche tutti i siti di restrizione.
Una volta cercati i primers su database online, è assolutamente necessario controllarne le caratteristiche al fine di evitare dimeri di primers, hairpins e match aspecifici che possono seriamente apportare errori alla successiva analisi delle sequenze target.
A tal fine, basta cliccare col tasto destro sulla sequenza e sezionare la voce PCR nel menù a tendina perchè si apra uno strumento per l'analisi dei primers che abbiamo scelto.
3. Da File -> Enter sequence è possibile inserire la sequenza di tutte le coppie di primers che ci interessa analizzare.
4. Sotto la voce PCR/primers (nel menu a sinistra) ricompare il tools di analisi dei primers che comprende informazioni come: entropia e entalpia della sequenza, lunghezza, percentuale in GC, posizione e uno score che valuta il self annealing.
Come fare per sapere se tutti i parametri indicati sono corretti? Basta andare nel menu a tendina di Edit e scegliere Troubleshoot e subito ci viene elencato cio' che è sbagliato e incompatibile nella nostra sequenza.
Cio' che è veramente interessante è che se le caratteristiche non ci soddisfano possiamo scegliere un'altra sequenza direttamente dal tasto Edit.
Io ho disegnato alcuni primers che funzionano davvero a meraviglia! Spero sia lo stesso per voi!!
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