La frase di Richard Dawkins sta risuonando nella mia mente mentre cerco di leggere la mia sequenza su un cromatogramma. Infatti, sfortunatamente, sto cercando la squenza di alcune varianti di splicing, cioè qualcosa che rende la mia sequenza più corta dell'originale. quindi, cerco una sequenza non certo con lo stesso codice!"At the deepest level, all living things that have ever been looked at have the same DNA code."
Il mio percorso sperimentale è stato lungo: la lotta con il protocollo di PCR perchè ho lavorato come al solito con un gene sfortunato e con improbabili reagenti e condizioni. Alla fine ho ottenuto bande pulite, ma devo comunque giustificare la presenza di bande addizionali e inaspettate.
Ho cercato un softwarenel mio istituto di ricerca, ma è sotto licenza e gelosamente custodito dal proprietario.
Ho pensato, allora, di chiedere nuoamente aiuto a GENtle.
E così ho importato direttamente la mia sequenza target dall'interfaccia web. Poi ho importato la sequenza derivata dal cromatogramma direttamente dal formato AB1 con file -> import. E così il cromatogramma è stato direttamente importato nella sezione "sequences".
Mentre analizzo il cromatogramma, posso modificarlo con View -> Edit sequences e così ho cambiato alcune basi non correttamente riconosciute. Infatti, il programma fa errori e occorre controllare la sua interpretazione dei dati. Purtroppo, l'editing è disponibile solo in modalità di sovrascrittura....
Inoltre, il programma non cita alcun strumento per analizzare il parametro "signal" (ndr controlla il "signal intensity number" nel cromatogramma per sapere se i picchi non sono interpretabili).
Inoltre, se soffrite di solitudine durante questo lavoro noioso, ho scovato anche "qualcuno" capace di leggere la sequenza in View -> read sequences aloud.
Infine, in Tool -> sequencing assistent ho aperto una finestra per scegliere le sequenze da allineare e ho trovato la giusta collocazione del mio frammento sul filamento completo di cDNA.
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